I regntiden, juni til slutten av oktober, er det ofte tyfoner/tropiske stormer med en vindstyrke på opptil 200 km/t. De nordlige delene av landet er mest utsatte, men de seneste årene har kraftige stormer også rammet Mindanao i sør. Flom og jordskred kan også forekomme - særlig i regntiden.
Filippinene er stadig utsatt for jordskjelv og har aktive vulkaner. Det siste store jordskjelvet rammet Luzon i 1990 og kostet over 1100 liv. Vulkanen Pinatubo hadde utbrudd i 1991 og forårsaket 850 dødsfall. Ved jordskjelv på Filippinene eller i omkringliggende områder finnes også en risiko for tsunamier.